准备在线分析网站NetworkAnalysit网站https://www.networkanalyst.ca/实操的基因名文件链接 genglist举例操作第一步.进入NetworkAnalysit网站。点击Gene List Input选项。第二步. 进入输入基因页面1选择基因种属来源2 选择基因类型3输入基因名4点击上传。5显示Map Entrez ID 6 点击Proceed 进入下一步。第三步选择需要进行的基因网络互作类型。在此页面有多种基因网络互作类型。如蛋白互作PPI基因调控网络GRN蛋白疾病药物化合物互作以及基因共表达互作。其中用的最多的就是PPI蛋白质互作分析。因此选择1.Generic PPI.然后选择数据库。选择习惯选择STRING数据库后续可以调整数据库来源3.点击OK进行下一步。第四步分析结果如下。在Subnetwork1中存在Nodes(互作蛋白节点-Edges连线-seeds(提交的差异基因。2提示互作蛋白数量太多不利于可视化。3.选择优化Minimum Network。第五步如果优化后的PPI数量依然太多选择2 Degree filter选项。3 Degree cutoff 选择中间数值进行调试。第六步结果可视化展示如下图所示。存在多个参数进行后续图片优化。1是选择互作网络子集。通常选择第一个。2Backgroud背景。3 展示方式选默认。4 Layout(后续有推荐选项。5.Edge是对连线参数的调整。 6是选择怎样的Node节点。7是图片输出下载格式选择。8是对候选互作蛋白的富集分析KEGGGO等通路分析。9 是对候选互作蛋白的TFdisease,drug等富集分析。第七步图片进行优化调整。1.背景选择White白色。2.Layout选择Force Altas. 3.颜色进行选择。Seed是我们提交的差异基因Protein是分析得到的互作蛋白。分别用蓝色或者黄色标记。4. Size是选择圆圈大小。越大越能显示基因名越小基因名就会隐藏。第八步调整节点大小。在Node选项中选择Size,然后选择All nodes或者其他选择的Nodes进行大小调整。第九步调整节点文字标记颜色。 Node选项中选择Label,有两个选项颜色与展示或隐藏。第十步调整连线的Opacity不透明度选择合适数值。第十一步调整连线的Thickness厚度选择合适数值。选择0.2-1.0之间的数值。第十二步节点可以用鼠标自由拉拽进行调整图形。第十三步图片保存在Downlaod选项可以选择Png Image选项选择放大3倍后保存到电脑。也可以选SVG格式以便于后期编辑。第十四步对筛选的后续蛋白进行富集分析。在Function Explorer界面选择All nodes.然后点击Dababase选择GO以及KEGG等通路数据库然后点击提交随后展示富集的结果可以保存这些结果是所展示的PPI对应的基因富集分析的结果。第十五步对筛选的后候选蛋白进行TF富集分析疾病与药物富集分析。如图所示选择Regulation Explorer选项选择TF【ENCODE】数据库进行候选蛋白质的TF富集分析。3表示富集最强的转录因子为IRF。当我们点击IRF1时候其相关的PPI中的基因变成其他颜色原红色然后在3这个位置选定特定颜色后在 4这个位置便可展示颜色标记。第十六步当我们选定IRF1相关的节点基因时候在点击Function Explore选项点击Highlighted nodes然后选择需要富集的选项如GOKEGG等得到的就是选择的节点中蛋白KEGG的结果。富集结果可以进行保存。总结我们通过NetworkAnalysit在线网站可以对一组基因集进行蛋白质互作网络分析以及绘图。在分析结果中可以调整展示的节点数量并通过多个绘图参数优化图片并对展示的节点蛋白进行富集分析。与直接差异基因富集分析具有相同的作用有些通路虽然没有受到差异基因的直接影响而是与其互作基因蛋白相关。因此PPI分析后续的富集分析可以作为差异基因富集分析的补充。